По согласованию с Администрацией Президента Республики Казахстан в соответствии с распоряжением акима Жамбылской области Айжан Есмагамбетова назначена заместителем акима Жамбылской области по социальным вопросам. Трудовую деятельность начала в 1990 году в качестве фельдшера-лаборанта в поликлинике №7 города Алматы. В разные годы работала врачом-эпидемиологом Республиканской санитарно-эпидемиологической станции, ведущим специалистом, главным специалистом, экспертом, а также руководителем управления в Комитете санитарно-эпидемиологического надзора Министерства здравоохранения Республики Казахстан. С июля 2024 года занимала должность председателя Правления «Национального центра общественного здравоохранения» Министерства здравоохранения Республики Казахстан.